Jedes Jahr zu Pfingsten hält Amnesty International seine Jahresversammlung ab. Es werden mehrere Hundert Mitglieder und Gäste erwartet.
Die Jahresversammlung ist das oberste Beschlussgremium der Deutschen Sektion. Auf der Jahresversammlung wird unter anderem über Maßnahmen zur Förderung des Vereinszweckes, über Satzungsänderungen und das Budget der Sektion entschieden. Die Versammlung wählt und entlastet die Mitglieder des Vorstands und die Kassenprüfer_innen des Vereins. Darüber hinaus ist die Jahresversammlung der Ort für Diskussionen und spannende Beiträge.
In den vergangenen Jahren wurde die Jahresversammlung u.a. in Köln (2022), Berlin (2021), Stuttgart (2019) und Papenburg (2018). Seit 2020 wird die JV auch in hybrider Form sowohl in Präsenz als auch online durchgeführt. 2023 ist der Hamburger Bezirk Ausrichterin der Amnesty International Jahresversammlung.